污水处理中的微生物种类很多，主要有菌类，藻类以及动物类。

（1）细菌

细菌是单细胞的原核生物。细胞内有细胞质，由蛋白质、碳水化合物和其他有机化合物的胶体悬浮液组成。细胞质内还有脱氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）。细菌包括杆菌、大肠埃希菌、球菌、螺旋菌、弧菌属等。

（2）原生动物

原生动物是可以活动的微小真核生物，通常为单细胞。大部分原生动物是好氧异养生物，只有少数是厌氧的。原生动物比细菌大一个数量级，并往往以消耗细菌为能源。原生动物包括变形虫属、简便虫属等。

（3）真菌/酵母菌

真菌是多细胞、非光合的异养真核生物，大多数真菌是好氧微生物，并具有降解纤维素的能力，对污泥堆肥有重要作用。酵母菌是真菌，但属单细胞生物。

（4）蠕虫

十二指肠钩虫、人蛔虫、毛首鞭形线虫等。

（5）病毒

病毒是由核糖核酸核心（DNA或RNA）组成，寄生于其他生物的细胞内，包括MS2、肠道病毒、诺沃克因子、轮状病毒等。

（6）古菌

古菌大小和细胞成分类似于细菌，对厌氧过程很重要。

（7）轮虫

轮虫属好氧异养动物的真核生物。它对于消耗分散、絮凝的细菌和小颗粒有机物质非常有用。

（8）藻类

藻类是单细胞或多细胞，自养光合型的真核生物。在废水处理中，藻类通过光合作用产生氧的能力是水生态环境的生命所在。

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